โดยแผนกตรวจพันธุ์รุกขชาติที่ตั้งขึ้นในครั้งนั้นมีฐานะเทียบเท่ากรม สังกัดกระทรวงพาณิชย์และคมนาคม มีนายแพทย์คาร์ (A.F.G. Kerr) ชาวอังกฤษเป็นเจ้ากรม นับเป็นจุดเริ่มต้นของพิพิธภัณฑ์พืชกรุงเทพซึ่งเป็นพิพิธภัณฑ์พืชแห่งแรกของประเทศไทย และเป็นจุดเริ่มต้นของงานพฤกษศาสตร์ของประเทศไทยนับแต่นั้นมา
ในช่วง 10 ปีแรก นายแพทย์คาร์ และคณะได้เดินทางสำรวจรวบรวมพืชจากทั่วประเทศมาได้กว่า 30,000 ตัวอย่าง และหลังจากนั้นต้องใช้เวลาเกือบ 60 ปี จึงสามารถรวบรวมตัวอย่างเพิ่มเติมได้อีก 30,000 ตัวอย่าง โดยพิพิธภัณฑ์พืชเป็นฐานข้อมูลเบื้องต้นเพื่อใช้ในการตรวจสอบ และอ้างอิงชื่อพรรณไม้ทางวิทยาศาสตร์ ก่อให้เกิดงานค้นคว้าวิจัยศาสตร์สาขาอื่น ๆ ตามมาอีกมากมาย
ในปี 2540 กรมวิชาการเกษตร ได้ตระหนักถึงความสำคัญของสมบัติอันล้ำค่าด้านหลักฐานความหลากหลายทางพรรณพืชของพิพิธภัณฑ์พืชกรุงเทพ จึงได้ของบประมาณจากรัฐบาล จัดสร้างอาคารพิพิธภัณฑ์พืช สำหรับรวบรวมตัวอย่างพรรณพืชมากกว่า 60,000 ตัวอย่าง (ในขณะนั้น) รวมถึงหนังสือและเอกสารวิชาการกว่า 4,000 เล่ม
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี (พระอิสริยยศในขณะนั้น) ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงวางศิลาฤกษ์อาคารพิพิธภัณฑ์พืชแห่งนี้ เมื่อวันที่ 25 เมษายน 2541 หลังจากนั้นกรมวิชาการเกษตรได้มีหนังสือกราบบังคมทูลขอพระราชทานนามอาคารพิพิธภัณฑ์พืชแห่งนี้ ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระราชทานนามอาคารนี้ว่า “พิพิธภัณฑ์พืชสิรินธร” เป็นอาคาร 3 ชั้น อยู่ตรงข้ามกับหอสมุดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ บางเขน
นายระพีภัทร์ จันทรศรีวงศ์ อธิบดีกรมวิชาการเกษตร กล่าวว่า ที่ผ่านมาพิพิธภัณฑ์พืชกรุงเทพได้มีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงตามลำดับ ปัจจุบันดูแลและดำเนินงานโดยกลุ่มวิจัยพฤกษศาสตร์และพิพิธภัณฑ์พืช สำนักคุ้มครองพันธุ์พืช กรมวิชาการเกษตร ใช้ชื่อย่อว่า BK (Bangkok Herbarium) มีการจัดการดูแลพิพิธภัณฑ์พืชในระบบสากล รวมจำนวนวงศ์พืชที่เก็บรักษา ณ เวลานี้ 305 วงศ์ และตัวอย่างพรรณไม้อ้างอิงมากกว่า 80,000 หมายเลข โดยตัวอย่างพืชที่เก็บสะสมไว้ถือเป็นสมบัติล้ำค่าของชาติ
สำหรับพิพิธภัณฑ์พืชกรุงเทพ ให้บริการใน 5 เรื่องได้แก่ 1.ให้บริการศึกษาตัวอย่างพรรณไม้อ้างอิงและเยี่ยมชม 2.ให้บริการเก็บรักษาพรรณไม้อ้างอิง ได้แก่ ตัวอย่างพรรณไม้ต้นแบบ และตัวอย่างพรรณไม้อ้างอิงเพื่องานวิจัย 3.ให้บริการตรวจระบุชนิดพันธุ์พืชและบริการออกหมายเลขพิพิธภัณฑ์พืชกรุงเทพ (BK number) 4.ให้บริการเผยแพร่ข้อมูลความรู้ด้านพฤกษศาสตร์ ได้แก่ การจัดนิทรรศการ การจัดฝึกอบรม เอกสารเผยแพร่ และหนังสือสิ่งพิมพ์ต่างๆ และ 5.ให้บริการห้องสมุดพฤกษศาสตร์ โดยเปิดให้บริการวันจันทร์-ศุกร์ เวลา 8.30 น.-16.30 น.
หน้า 11 หนังสือพิมพ์ฐานเศรษฐกิจ ปีที่ 43 ฉบับที่ 3,905 วันที่ 16 - 19 กรกฎาคม พ.ศ. 2566