อย่างไรก็ตามปัญหาสำคัญของการปลูกพืชระบบไฮโดรโปรนิกส์คือ โรครากเน่าในผักสลัดที่เกิดจากเชื้อรา สามารถแพร่กระจายได้ผ่านทางนํ้าและสภาพแวดล้อมที่มีความชื้นสูง และในช่วงฤดูร้อนที่มีอากาศร้อนจัด หากไม่มีการทำความสะอาด และการรักษาอุปกรณ์ปลูกอย่างเหมาะสม เชื้อราสามารถสะสมอยู่ในระบบปลูกได้
นางสาวมะลิดา ชูรินทร์ นักวิชาการโรคพืชปฏิบัติการ สำนักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช กรมวิชาการเกษตร กล่าวว่า โรครากเน่าของผักสลัดระบบไฮโดรโปรนิกส์ เกิดจากเชื้อราพีเที่ยม อะฟานิเดอร์มาตัม (Pythium aphanider matum) สามารถแพร่กระจายผ่านทางเมล็ดพันธุ์และวัสดุปลูก โดยจะเข้าทำลายที่ระบบรากของผักสลัด ทำให้รากฝอยเริ่มเปลี่ยนเป็นสีนํ้าตาลแดง ต่อมารากจะมีอาการเน่าและเปลี่ยนเป็นสีดำ รากจะเริ่มหลุดร่วงและสั้นกุดลงไปเรื่อย ๆ หลังจากนั้นต้นพืชจะแสดงอาการเหี่ยวให้เห็น
โรครากเน่าในผักสลัดจะระบาดได้ดีในช่วงอากาศร้อนชื้น โดยเชื้อสาเหตุโรคจะมีการแพร่ระบาดได้อย่างรวดเร็ว หลังจากมีการปนเปื้อนในวัสดุในการปลูก ไม่ว่าจะเป็นฟองนํ้าในการเพาะปลูก อุปกรณ์รางนํ้า หรือบ่อนํ้าของสารละลาย จากระบบไฮโดรโปรนิกส์จะเป็นระบบนํ้าวน หากติดเชื้อหนึ่งต้นก็อาจจะเป็นได้ทั้งโต๊ะปลูก
ดังนั้นเพื่อป้องกันและควบคุมโรครากเน่าในระบบไฮโดรโปรนิกส์ สำนักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช ได้วิจัยและพัฒนาชีวภัณฑ์ Bs DOA 19W32 ขึ้น และได้มีการทดลองจนประสบความสำเร็จ โดยชีวภัณฑ์ Bs DOA 19W32 มาจากเชื้อแบคทีเรีย Bacillus subtilis ที่เป็นสายพันธุ์แบคทีเรียที่มีประโยชน์เพื่อนำมาใช้ในการควบคุมโรครากเน่าของผักสลัด
ปัจจุบันชีวภัณฑ์ Bs DOA 19W32 ของสำนักวิจัยพัฒนาการอารักขาพืช ที่ใช้ในการควบคุมโรครากเน่าในผักสลัดมี 2 สูตร ได้แก่ สูตรผงละลายนํ้า และสูตรเหลวอย่างง่าย โดยสูตรผงละลายนํ้าอัตราการใช้ประมาณ 60 กรัมต่อนํ้า 20 ลิตร โดยใส่ในระบบไฮโดรโปรนิกส์ หรือในระบบสารละลายของเตาปลูกได้เลย
ส่วนสูตรเหลวอย่างง่าย เป็นสูตรเพิ่มปริมาณ เริ่มต้นจะใช้กากถั่วเหลือง 10 กรัม นํ้าตาลทราย 10 กรัม ผสมนํ้า 1 ลิตรต้มให้เดือดประมาณ 2 ครั้ง ครั้งละ 30 นาที เมื่อเย็นแล้วจะใส่สูตรผงในอัตรา 9 กรัมต่อนํ้า 1 ลิตรลงในถังเลี้ยงที่บรรจุกากถั่วเหลืองที่ต้มฆ่าเชื้อไว้ จากนั้นบ่มเชื้อไว้ที่สภาพอุณหภูมิห้องประมาณ 48 ชั่วโมง หลังจากนั้นสามารถนำไปใส่ในระบบปลูกของโต๊ะปลูกไฮโดรโปรนิกส์ได้
ขั้นตอนหลังจากเตรียมชีวภัณฑ์เสร็จเรียบร้อยแล้ว จะนำชีวภัณฑ์คลุกเมล็ดพืชและเขย่าให้เข้ากัน หลังจากเพาะเมล็ดปลูกเรียบร้อยแล้วจะนำไปปลูกในขั้นตอนอนุบาลของต้นกล้าผักสลัด โดยเตรียมชีวภัณฑ์ในอัตรา 60 มิลลิลิตรต่อนํ้า 20 ลิตร โดยเทสารละลายลงในโต๊ะอนุบาล หลังจากเตรียมโต๊ะอนุบาลเสร็จเรียบร้อยจะใส่ชีวภัณฑ์ก่อนนำไปปลูก
อย่างไรก็ตาม การใช้ชีวภัณฑ์ Bs-DOA 19W32 เป็นส่วนหนึ่งของการป้องกันและควบคุมโรครากเน่าในระบบไฮโดรโปรนิกส์ ขณะที่การตรวจสอบและการรักษาโรครากเน่าในระบบไฮโดรโปรนิกส์เป็นขั้นตอนสำคัญเพื่อป้องกันความเสียหายและการระบาดของโรค ดังนั้นหากมีการระบาดของโรคในแหล่งปลูกควรติดต่อผู้เชี่ยวชาญด้านการเกษตร เพื่อรับคำแนะนำและปฏิบัติตามขั้นตอนที่ถูกต้องควบคู่กันไปด้วย