มีการแสดงความคิดเห็นในวงกว้างว่าการก่อสร้างโครงการรถไฟความเร็วสูงเชื่อมสามสนามบิน (ดอนเมือง-สุวรรณภูมิ-อู่ตะเภา ) หรือไฮสปีดเทรนภาครัฐอาจเสียเปรียบเอกชนคู่สัญญาในหลายประเด็น
ส่งผลให้สำนักงานคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก(สกพอ. )ซึ่งมีหน้าที่กำกับดูแลโครงการ และการรถไฟแห่งประเทศไทย(รฟท.) ในฐานะเจ้าของโครงการ ชี้แจงในประเด็นต่างๆ ดังนี้
การโอนและชำระค่าบริหารแอร์พอร์ต เรลลิงก์ สกพอ. ชี้แจงว่ากรณีการแพร่ระบาดของไวรัสโควิด ที่ส่งผลกระทบเป็นวงกว้าง และรุนแรง ถือเป็นเหตุสุดวิสัยที่เกิดขึ้นภายหลังการลงนามสัญญาโครงการฯ ส่งผลให้รัฐต้องออกมาตรการควบคุมการแพร่ระบาด
ทำผู้โดยสารที่มาใช้บริการ ARL ลดลง จากเดิม 80,000 คนต่อวัน เหลือประมาณ 30,000 คนต่อวัน ส่งผลให้เกิดการขาดทุนค่าดำเนินการประมาณ 68 ล้านบาทต่อเดือน
โดยยังคงไม่มีแนวโน้มว่าผู้โดยสารจะกลับมาใช้บริการเช่นเดิม จากสถานการณ์ดังกล่าว ส่งผลให้สถาบันการเงินไม่สามารถให้เงินทุนกว่า 10,000 ล้านบาทแก่เอกชนคู่สัญญาเพื่อชำระค่าสิทธิให้ รฟท. ได้ ซึ่งส่งผลกระทบต่อการให้บริการประชาชน
เพื่อไม่ให้บริการของ ARL สะดุดหรือหยุดลง รฟท. และเอกชนคู่สัญญาตกลงกันให้เอกชนคู่สัญญาสนับสนุนการเดินรถ ARL เท่านั้น ไม่ได้ให้สิทธิบริหารจัดการและไม่ได้เป็นการส่งมอบ ARL ให้เอกชนคู่สัญญาแต่อย่างใด
ปัจจุบันรายได้จากค่าโดยสารยังเป็นของ รฟท. และเอกชนคู่สัญญาจะทยอยชำระค่าสิทธิให้รัฐไม่น้อยกว่า 1,067 ล้านบาทต่อปี
เมื่อมาตรการควบคุมการแพร่ระบาดและผลกระทบต่อการดำเนินงานของเอกชนคู่สัญญาสิ้นสุดลง รฟท. ก็จะได้รับชำระเงินค่าสิทธิ ARL ทั้งหมด พร้อมดอกเบี้ยและค่าธรรมเนียม
การแก้ไขปัญหาดังกล่าว จะส่งผลดีต่อผู้โดยสารที่ใช้บริการ ARL ได้อย่างต่อเนื่อง และ รฟท. ไม่ต้องแบกภาระการขาดทุนของ ARL ทั้งยังได้รับค่าสิทธิ ARLครบจำนวนอีกด้วย
ส่วนกรณีการแก้ไขปัญหาทับซ้อนกับโครงการรถไฟความเร็วสูงไทยจีน ช่วงบางซื่อ-ดอนเมือง รฟท. ชี้แจงว่า ได้เจรจาให้เอกชนคู่สัญญา เริ่มก่อสร้างรถไฟความเร็วสูงช่วงบางซื่อถึงดอนเมือง ก่อนกำหนดในสัญญา
นอกจากนี้ ยังมีการเพิ่มงานก่อสร้างทางวิ่งรถไฟไทย-จีน เพิ่มความเร็วการเดินรถไฟและเปลี่ยนมาตรฐานการออกแบบและก่อสร้างจากยุโรปเป็นจีน ส่งผลให้เอกชนคู่สัญญามีงานและค่าก่อสร้างเพิ่มจากสัญญาเดิม 9,207 ล้านบาท ซึ่งเอกชนต้องเป็นผู้รับผิดชอบค่าก่อสร้างดังกล่าว
โดยรัฐไม่ต้องเสียงบประมาณในส่วนนี้ ด้วยเหตุนี้ รฟท. จึงชดเชยงานและค่าก่อสร้างที่เพิ่มขึ้นของเอกชนคู่สัญญา ด้วยการปรับวิธีชำระเงินที่รัฐร่วมลงทุน จากเดิมที่รัฐเริ่มชำระหลังงานก่อสร้างทั้งโครงการแล้วเสร็จ เป็นทยอยชำระระหว่างการก่อสร้างและให้เอกชนคู่สัญญาวางหลักประกันสัญญาเพิ่ม
การดำเนินงานดังกล่าวทำให้ความเสี่ยงการกู้เงินของเอกชนคู่สัญญาลดลง ส่งผลให้เอกชนคู่สัญญาประหยัดค่าดอกเบี้ยลงซึ่งจะถูกส่งคืนกลับสู่รัฐทั้งหมด ทำให้รัฐประหยัดงบประมาณไม่น้อยกว่า 17,000 ล้านบาท จากการชำระเงินร่วมลงทุนที่น้อยลงและไม่ต้องจ่าย
ค่างานก่อสร้างส่วนที่เพิ่มขึ้นมา 9,207 ล้านบาท ที่สำคัญการแก้ปัญหาทับซ้อนช่วงบางซื่อ - ดอนเมือง จะช่วยให้ทั้ง 2 โครงการสามารถเดินหน้าก่อสร้างและเปิดให้บริการได้ตามกำหนด ประชาชนได้ประโยชน์จากบริการสาธารณะ และช่วยให้รัฐสามารถบริหารงบประมาณได้อย่างเต็มประสิทธิภาพ
นอกจากนี้ รฟท. ยังได้ทำหนังสือถึงสำนักงานอัยการสูงสุด และสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา เพื่อหารือถึงประเด็นต่างๆ ที่ได้มีการเจรจากับคู่สัญญาว่าเป็นไปตามเงื่อนไขสัญญาและถูกต้องตามระเบียบ
ข้อกฎหมายหรือไม่อีกด้วย เพื่อให้เกิดความละเอียดรอบคอบ รัดกุมรฟท. ยืนยันว่า การดำเนินการต่างๆ นี้ เป็นไปเพื่อประโยชน์สูงสุดต่อพี่น้องประชาชนโดยรวม และ รฟท.
มิได้เพิกเฉยต่อการบริหารงบประมาณ หรือข้อตกลงต่างๆ ที่ต้องเจรจากับเอกชนคู่สัญญา และพยายามดำเนินการในกระบวนการต่างๆ อย่างรอบคอบ โปร่งใส ตรวจสอบได้
อย่างไรก็ตาม สกพอ. ยืนยันว่า ที่ผ่านมาได้พยายามกำกับดูแลให้โครงการสามารถขับเคลื่อนได้โดยเร็ว และเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประชาชนและประเทศชาติ