อย่างไรก็ดีการปลูก “ถั่วเหลือง” ก็มีปัญหาอุปสรรคจากโรคพืชหลายชนิด และมีหลายชนิดเป็นโรคที่ถ่ายทอดผ่านทางเมล็ดพันธุ์ ทำให้ถั่วเหลืองมีผลผลิตลดลง เมล็ดพันธุ์ไม่มีคุณภาพ
โดยเฉพาะโรคที่ติดมากับเมล็ดพันธุ์ในช่วงฤดูฝนจะพบโรคเมล็ดสีม่วง และโรคเมล็ดเน่าโฟมอบซิสเป็นจำนวนมาก ต้องมีการคัดทิ้งส่งผลทำให้สูญเสียผลผลิตและสิ้นเปลืองแรงงาน ซึ่งการควบคุมโรคของเกษตรกรส่วนใหญ่จะใช้สารเคมี ส่งผลต่อสุขภาพของผู้ใช้และสิ่งแวดล้อมรวมถึงการใช้สารเคมีต่อเนื่องเป็นระยะเวลานานๆจะทำให้เชื้อสาเหตุโรคพืชเกิดการกลายพันธุ์และต้านทานสารเคมีได้อีกด้วย
ดังนั้นแนวทางหนึ่งที่จะช่วยลดปัญหาดังกล่าว ศูนย์วิจัยและพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืชพิษณุโลก กรมวิชาการเกษตรได้มีการควบคุมศัตรูพืชโดยชีววิธีด้วยการใช้เชื้อจุลินทรีย์ปฏิปักษ์ในการควบคุมเชื้อราสาเหตุโรคเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลือง พบว่าเชื้อบาซิลลัส ซับทิลิส สายพันธุ์ PSL49 ( Bacillus subtilis PSL 49) มีประสิทธิภาพในการยับยั้งทั้งเชื้อรา C. kikuchii สาเหตุโรคเมล็ดสีม่วงและเชื้อรา Phomopsis sp. สาเหตุโรคเมล็ดเน่าโฟมอบซิส เชื้อบาซิลลัส ซับทิลิส สายพันธุ์ PSL49 สามารถสร้างเอนโดสปอร์ซึ่งมีความทนทานต่อสิ่งแวดล้อมที่ไม่เหมาะสม และลดการเกิดโรคในแปลงผลิตเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลืองได้สูงถึง 20% จึงนำมาพัฒนาเป็นสูตรสำเร็จรูปแบบผงสำหรับใช้คลุกเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลืองก่อนปลูกและใช้ฉีดพ่นในแปลงซึ่งง่ายต่อการใช้งานของเกษตรกร
การดำเนินงานผ่านการขับเคลื่อนผลงานวิจัยการใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์ในการควบคุมโรคที่สำคัญของการผลิตเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลือง เพื่อนำผลงานวิจัยถ่ายทอดสู่กลุ่มเกษตรกรในพื้นที่ปลูกถั่วเหลือง เพื่อให้ได้ทราบถึงหลักการและวิธีการใช้ที่ถูกต้อง และนำความรู้ที่ได้ไปประยุกต์ใช้ในงานผลิตเมล็ดพันธุ์ได้อย่างถูกต้องและเหมาะสมต่อไป
อย่างไรก็ตาม หากเกษตรกรนําเทคโนโลยีการใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์ไปควบคุมโรคเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลืองไปใช้อย่างต่อเนื่องจะสามารถลดการสูญเสียเมล็ดพันธุ์ ที่ต้องคัดทิ้ง ทำให้เกษตรกรผู้ผลิตเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลืองมีรายได้เพิ่มขึ้นเฉลี่ยไร่ละ 1,000 บาท ช่วยลดต้นทุนการใช้สารเคมีกำจัดโรคพืชเฉลี่ย 340 บาทต่อไร่ อีกทั้งยังลดการตกค้างของสารกำจัดโรคพืชในสิ่งแวดล้อม และไม่ก่อให้เกิดผลกระทบต่อสุขภาพของเกษตรกร
หากเกษตรกรที่สนใจเทคโนโลยีการใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์ฯ เพื่อควบคุมโรคเมล็ดพันธุ์ถั่วเหลือง สามารถสอบถามรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่ ศูนย์วิจัยและพัฒนาเมล็ดพันธุ์พืชพิษณุโลก โทรศัพท์ 0-55313-111