เมื่อวันที่ 20 มิ.ย.65 นายชัชชาติ สิทธิพันธุ์ ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร กล่าวว่า กรณีสถาบันวิจัยและพัฒนาประเทศไทย (TDRI) เสนอให้กรุงเทพมหานคร(กทม.)เริ่มจัดเก็บค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียวส่วนต่อขยาย ส่วนเหนือ ช่วงหมอชิต-คูคต และส่วนใต้ ช่วงสำโรง-สมุทรปราการ เพื่อแบ่งเบาภาระหนี้สินค่าจ้างเดินรถที่ กทม. ต้องจ่ายให้กับบริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (บีทีเอส)นั้น
ปัจจุบันราคาค่าโดยสารตลอดสาย 59 บาทอยู่แล้ว แต่จะทำอย่างไรกับในช่วงที่ 2 ส่วนต่อขยายที่ยังไม่ได้มีการเก็บค่าโดยสาร แต่ให้ผู้โดยสารขึ้นฟรี ซึ่งในช่วงที่ 2 มีคนนั่งอยู่ประมาณ 27% ที่นั่งไป-กลับ โดยไม่ได้เสียเงิน แต่ กทม.ยังต้องจ่ายค่าเดินรถอยู่ 3,000 ล้านบาท ผู้โดยสารนั่งฟรี แต่ กทม.ไม่ฟรี เพราะต้องจ้างเอกชนเดินรถ
"ดังนั้น จะต้องไปดูว่าจะเก็บเท่าไร เก็บอย่างไร เพื่อไม่ให้เป็นภาระและต้องยุติธรรมกับคนอื่นๆ ด้วย เพราะวินมอเตอร์ไซค์และรถรับจ้างที่วิ่งอยู่ข้างล่างของช่วงส่วนต่อขยายเจ๊งหมด เพราะคนไปขึ้นรถไฟฟ้าฟรีข้างบน นั่งยาวไปถึงคูคต"
ทั้งนี้ค่าโดยสารรถไฟฟ้าบีทีเอสคงไม่เกินกรอบราคา 59 บาท โดย 44 บาท เป็นเส้นทางสัมปทานหลักวิ่งด้านในเมือง และบวกกับอีก 15 บาท ที่เป็นส่วนต่อขยาย
สำหรับภาระหนี้สะสมที่ภาครัฐมีต่อบีทีเอสตั้งแต่เดือนเมษายน 2560-ปัจจุบัน มีหนี้ค่าจ้างเดินรถและหนี้ค่าซื้อระบบการเดินรถ (ไฟฟ้าและเครื่องกล) รวมดอกเบี้ย จำนวน 38,000 ล้านบาท เพิ่มขึ้น 6,000 ล้านบาท
แบ่งเป็นหนี้ค่าจ้างเดินรถ จำนวน 18,000 ล้านบาท และหนี้ค่าซื้อระบบการเดินรถ (ไฟฟ้าและเครื่องกล) จำนวน 20,000 ล้านบาท จากเดิมที่มีมูลหนี้รวมอยู่ที่ 32,000 ล้านบาท
เนื่องจากที่ผ่านมากทม.ไม่ได้มีการชำระหนี้ในส่วนต่อขยายที่ 1 ช่วงสะพานตากสิน-วงเวียนใหญ่-บางหว้าและช่วงอ่อนนุช-แบริ่ง ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม 2562และส่วนต่อขยายที่ 2 ช่วงแบริ่ง-สมุทรปราการ และช่วงหมอชิต-สะพานใหม่-คูคต ตั้งแต่เปิดให้บริการ