เกาะติด โอไมครอน Omicron B.1.1.529 โควิดกลายพันธุ์ ที่องค์การอนามัยโลก หรือ WHO กําหนดให้เป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern) เพราะมีการแพร่ระบาดติดต่อระหว่างคนสู่คนอย่างรวดเร็ว
มีการกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิมมากกว่า 60 ตำแหน่ง เพิ่มความรุนแรงในด้านอาการทางคลินิก อาจลดประสิทธิผลของมาตรการด้านสาธารณสุขและสังคม
หรือการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ เช่น ATK หรือ PCR ด้อยประสิทธิภาพวัคซีน ยาต้านไวรัสที่มีใช้อยู่
เพจเฟซบุ๊คของ ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล บอกว่า ห้องปฏิบัติการหลายแห่ง ระบุว่า การทดสอบ PCR ที่ตรวจโควิด 19 พร้อมกัน 3 ยีน จะมียีน "S” ที่อาจจะตรวจจับไม่ได้เพราะมีการกลายพันธุ์ไปมาก (S dropout) WHO กล่าวว่าข้อสังเกตนี้สามารถใช้เป็นตัวคัดกรองตัวอย่างต้องสงสัยว่าจะเป็นสายพันธุ์โอไมครอนได้
ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ประสานกับห้องปฏิบัติการไวรัสวิทยา รพ. รามาธิบดี ให้เฝ้าระวัง ตัวอย่าง S dropout ถ้าพบเพื่อความรวดเร็วจะนำมาตรวจจีโนไทป์กับตัวตรวจตาม 40 ตำแหน่งด้วยเทคโนโลยี Mass array ให้แล้วเสร็จใน 24-48 ชั่วโมง เนื่องจากจะมีต้นทุนที่ประหยัดกว่าการถอดรหัสพันธุ์กรรมทั้งจีโนม เพื่อให้ทราบว่าเป็นสายพันธุ์โอไมครอน Omicron (B.1.1.529) ในเบื้องต้นหรือไม่
ขณะที่ชุดตรวจสายพันธุ์โอไมคอน B.1.1.529 ซึ่งจะตรวจ 40 ตำแหน่งบนจีโนมไวรัสพร้อมกันโดยอาศัยเทคโนโลยี "Mass Array" คาดว่าจะแล้วเสร็จใช้งานได้ในอีก 2 สัปดาห์จากนี้ ซึ่งจะสามารถตรวจสายพันธุ์นี้ได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์ หากมีความจำเป็น
จากนั้นมีการยืนยันผลด้วยเครื่องถอดรหัสพันธุกรรมรุ่นที่ 3 (3rd generation sequencer) ซี่งจะถอดรหัส SARS-CoV-2 ทั้งจีโนมแล้วเสร็จได้อย่างรวดเร็วใน 48-72 ชั่วโมงโดยไม่ต้องรอทำตัวอย่างครั้งละมากๆ แต่หากมีความจำเป็นต้องทำจำนวนมากก็ สามารถรองรับการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 ได้ประมาณ 100 รายต่อสัปดาห์ เพื่อดูรายละเอียดของการกลายพันธุ์ทังจีโนม 3 หมื่นตำแหน่ง
ส่งลําดับจีโนมที่สมบูรณ์และข้อมูลที่เกี่ยวข้องทางระบาดวิทยาและทางคลินิกไปยังฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะ เช่น “GISAID” ภายใน 48 ชั่วโมงหลังได้ข้อมูลรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ Omicron ร่วมมือกับกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุขอย่างใกล้ชิดในการร่วมด้วยช่วยกันถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโคโรนา 2019 จากตัวอย่างทั่วประเทศ
Omicron (B.1.1.529) คาดว่าจะก่อให้เกิดการระบาดของโควิด 19 ระลอกใหม่ในแอฟริกา และอาจเกิดการระบาดไปทั่วโลกได้ ขณะนี้พบว่ามีการแพร่ติดต่ออย่างรวดเร็วเหนือกว่าเดลตา และกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิม (Wuhan virus) มากกว่า 60 ตำแหน่ง
ส่วนข้อกังวลเรื่องชุดตรวจโควิด PCR ที่ใช้ตรวจนั้น ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ โอไมครอน (B.1.1.529) ได้หรือไม่ คำตอบคือยังใช้ตรวจจับได้แต่ต้องระมัดระวัง
ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของโอไมครอนทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตามของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง โดยอาศัยโปรแกรมที่ชื่อว่า “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/)
ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบนคอมพิวเตอร์เบื้องต้น พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหากับชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อ ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR primer) กับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนที่กลายพันธุ์ไปว่ายังตรวจจับกันได้หรือไม่ หรือตรวจจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก
อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือการ dropout บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน
ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์โอไมครอน