จากกรณี ปี 2557 ผู้บริหารการท่าเรือ มอบอำนาจให้ นายโกมล ศรีบางพลีน้อย ผู้กล่าวหา ร้องทุกข์ดำเนินคดีกับนายจงเด่น บุตรสุทธิวงศ์ กับพวก และพนักงานการท่าเรือแห่งประเทศไทยคนอื่น ๆ รวมทั้งบุคคลอื่นที่เกี่ยวข้อง กล่าวหาทุจริตเบิกจ่ายค่าล่วงเวลา ค่าทำงานในวันหยุด และค่าล่วงเวลาในวันหยุดเพิ่มเติม ในห้วงเวลา พ.ศ. 2545 – พ.ศ. 2555 จนทําให้รัฐเสียหายเป็นจํานวนเงิน 3,300 ล้านบาท โดยคณะกรรมการคดีพิเศษ ได้มีมติในการประชุมครั้งที่ 6/2556 เมื่อวันที่ 17 ธันวาคม 2556 ให้รับเป็นคดีพิเศษ (อ่านมติคณะกรรมการคดีพิเศษ ครั้งที่ 6/2556 คลิกที่นี่)
ล่าสุด ร.ต.อ. สุรวุฒิ รังไสย์ ผู้อำนวยการกองคดีความผิดเกี่ยวกับการเสนอราคาต่อหน่วยงานของรัฐ เป็นหัวหน้าคณะพนักงานสอบสวนคดีพิเศษ ได้ส่งสำนวนการสอบสวนคดีพิเศษที่ 37/2561 ให้กับ พนักงานอัยการ สำนักงานคดีพิเศษ พร้อมความเห็นควรสั่งฟ้องผู้ต้องหารวม 34 ราย รวมเอกสาร 72 แฟ้ม 33,377 แผ่น ส่วนผู้ต้องหา 3 รายที่ไม่สั่งฟ้อง เนื่องจากถึงแก่ความตาย
จากการสืบสวนสอบสวนมีพยานหลักฐานเชื่อว่า มีผู้บริหารและพนักงานการท่าเรือแห่งประเทศไทยรวม 36 ราย และทนายความ 1 ราย รวม 37 ราย (จากผู้ถูกกล่าวหา 560 ราย) ได้ร่วมกันทุจริตการเบิกจ่ายเงินค่าล่วงเวลา ค่าทำงานในวันหยุด และค่าล่วงเวลาในวันหยุด โดยร่วมกันจัดทำเอกสารใบเบิกเงิน เพื่อใช้เบิกเงินดังกล่าว ทั้งที่ไม่ได้ทำงานจริง
ทั้งยังใช้เอกสารดังกล่าวเป็นหลักฐานในการฟ้องการท่าเรือแห่งประเทศไทยต่อศาลแรงงานกลาง เพื่อเรียกร้องค่าล่วงเวลา ค่าทำงานในวันหยุด และค่าล่วงเวลาในวันหยุดเพิ่มเติมในห้วงเวลา พ.ศ. 2545 – พ.ศ. 2555 ทั้งที่ไม่ได้ทำงานจริงอีกด้วย
จึงเข้าข่ายเป็นการกระทำความผิดฐาน เป็นเจ้าพนักงานมีหน้าที่ทำเอกสาร รับเอกสารหรือกรอกข้อความลงในเอกสารอันเป็นเท็จ เป็นเจ้าพนักงาน ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบหรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต เบิกความอันเป็นเท็จ และนำสืบหรือแสดงพยานหลักฐานอันเป็นเท็จ
ในขณะที่ ทนายกฤษฎา อินทามระ ผู้ได้รับมอบหมายจากผู้ต้องหาทั้ง 37 คน ให้ทําหนังสือร้องขอความเป็นธรรม ต่ออธิบดีอัยการ สํานักงานคดีพิเศษ เพื่อให้มีการสอบพยานเพิ่มเติมอีก 2 ปาก ได้แก่ พนักงานการท่าเรือ 1คน และรักษาการแทน ผอ.การท่าเรือ
เนื่องจาก พนักงานการท่าเรือท่านนี้ มีประวัติเดินทางไปต่างประเทศ 8 วัน แต่ไม่ได้ขอลา และเมื่อกลับมาได้ขอเบิกค่าล่วงเวลาทั้งที่ไม่ได้ทํางานจริง ซึ่งรักษาการแทน ผอ.การท่าเรือ รับทราบและไล่ออกแต่ไม่มีการดําเนินคดีใดๆ
ภายหลังปรากฏว่า พนักงานการท่าเรือท่านนั้น กลับเป็นพยานในคดี กล่าวปรักปรำถูกกล่าวหาทั้ง 560 จนสุดท้ายตกเป็นผู้ต้องจํานวนทั้งสิ้น 37 คน จึงร้องให้ตรวจสอบว่าพฤติกรรมดังกล่าวบ่งชี้ว่าเป็นการกลั่นแกล้งหรือไม่ และยังทําให้การฟ้องคดีที่ศาลแรงงานเพื่อเรียกค่าล่วงเวลารายชั่วโมงต้องแพ้คดีไปทั้งหมด