กรมที่ดินออกมาชี้แจงข้อเท็จจริงเกี่ยวกับกรณีการเพิกถอนที่ดินสองกรณีสำคัญ ได้แก่ ที่ดินบริเวณเขากระโดง จังหวัดบุรีรัมย์ และที่ดินอัลไพน์ จังหวัดปทุมธานี โดยยืนยันว่าทุกกระบวนการเป็นไปตามหลักกฎหมายและข้อบังคับของทางราชการ
ในกรณีที่ดินเขากระโดง ตามการอภิปรายประเด็นเกี่ยวกับกรณีคณะกรรมการ ป.ป.ช. มีมติให้เพิกถอนโฉนดที่ดิน 2 แปลง โฉนดที่ดินเลขที่ 3466 และ 8564 ตำบลอิสาณ อำเภอเมืองบุรีรัมย์ จังหวัดบุรีรัมย์ เมื่อปีพ.ศ. 2554 นั้น กรมที่ดินได้แต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนตามมาตรา 61 แห่งประมวลกฎหมายที่ดิน
ซึ่งพิจารณาแล้วเห็นว่าไม่มีหลักฐานยืนยันว่าที่ดินดังกล่าวอยู่ในกรรมสิทธิ์ของการรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) เนื่องจากไม่มีแผนที่แนบท้ายพระราชกฤษฎีกาจัดซื้อที่ดินปีพ.ศ. 2464 การตัดสินใจไม่เพิกถอนโฉนดดังกล่าวได้รับความเห็นชอบจากสำนักงานอัยการสูงสุด โดยให้สิทธิ รฟท. ฟ้องร้องต่อศาลเพื่อขอให้เพิกถอนโฉนดได้เอง
ซึ่ง รฟท. ไม่ได้ใช้สิทธิฟ้องร้องเพื่อเพิกถอนโฉนดทั้งสองแปลง แต่เลือกยื่นฟ้องกรมที่ดินและอธิบดีกรมที่ดินต่อศาลปกครองกลางเมื่อปีพ.ศ. 2566 เพื่อขอให้เพิกถอนโฉนดทั้งหมด 995 แปลง ในพื้นที่พิพาทบริเวณเขากระโดง กรมที่ดินยังคงยืนยันตามความเห็นของคณะกรรมการสอบสวนฯ ตามมาตรา 61 ประมวลกฎหมายที่ดิน ที่มีมติไม่เพิกถอนโฉนด
และในขณะนี้อยู่ระหว่างการดำเนินการตามกระบวนการทางกฎหมายในศาลปกครองระหว่างการรถไฟฯ อีกทั้งตั้งข้อสังเกตว่า หากการรถไฟฯ ยืนยันว่าเป็นเจ้าของที่ดินตั้งแต่ปีพ.ศ. 2464 เหตุใดจึงปล่อยให้ประชาชนครอบครองทำประโยชน์ และแจ้ง ส.ค.๑ ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2497 รวมถึงมีการออกเอกสารสิทธิ์ต่อเนื่องตั้งแต่ปีพ.ศ. 2509 โดยการรถไฟก็ได้มารับรองแนวเขตและยืนยันว่าที่ดินไม่ใช่ที่ดินของการรถไฟ
ในส่วนของที่ดินอัลไพน์ รองปลัดกระทรวงมหาดไทย หัวหน้ากลุ่มภารกิจด้านกิจการความมั่นคงภายใน ได้มีความเห็นให้เพิกถอนคำสั่งไม่เพิกถอนรายการจดทะเบียนโอนมรดกที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย ขณะนี้สำนักงานที่ดินจังหวัดปทุมธานี สาขาคลองหลวง อยู่ระหว่างเรียกคืนโฉนดที่ดินจากผู้มีส่วนได้เสียเพื่อดำเนินการจดแจ้งเพิกถอนโฉนดและรายการจดทะเบียนสิทธิและนิติกรรม
กรมที่ดินระบุเพิ่มเติมว่า หากมีกรณีเรียกร้องค่าเสียหายจากการเพิกถอนโฉนดที่ดิน ผู้ที่ได้รับผลกระทบสามารถใช้สิทธิฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายจากกรมที่ดินได้ ซึ่งเป็นขั้นตอนที่สามารถดำเนินการได้ตามกฎหมาย ทั้งนี้ ยืนยันว่าทุกกระบวนการในทั้งสองกรณีเป็นไปตามระเบียบข้อบังคับ และอยู่ภายใต้กระบวนการทางกฎหมายของทางราชการอย่างถูกต้อง