หนึ่งในสาระสำคัญเป็นเรื่องการ “จดทะเบียนพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่น” เจตนาของกฎหมายให้สิทธิ์กับชุมชนดูแลพันธุ์พืชของตัวเอง ซึ่งในกฎหมายจะชี้นิยามว่า ชุมชนหมายถึงอะไร อาทิ มีการรวมตัวกันตั้งถิ่นฐานและสืบทอดระบบวัฒนธรรมประเพณีร่วมกันมาโดยต่อเนื่องไม่น้อยกว่า 10 ปี หลังจากที่มีชุมชนแล้ว ชุมชนจะต้องมีพันธุ์พืชที่เป็นของตัวเอง จะโดยการคิดค้นพัฒนาขึ้นมาใหม่ หรือมีอยู่ในที่นั้นก็ได้ และจะต้องมีปรากฎอยู่ในชุมชนที่เดียวเท่านั้น ห้ามมีปลูกที่อื่น
ตัวอย่างเช่น “ส้มเขียวหวานพันธุ์เทพรส” ที่มีการสำรวจพบปลูกอยู่ในชุมชนคุ้งบางกะเจ้า ตำบลบางกระสอบ อำเภอพระประแดง จังหวัดสมุทรปราการ มากว่า 100 ปี และชุมชนได้ทำการอนุรักษ์ไว้ในพื้นที่ เป็นต้น ภายหลังจากการขึ้นทะเบียนชุมชนและจดทะเบียนพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นได้แล้ว ชุมชนจะมีสิทธิ์เพียงผู้เดียวในพันธุ์นั้น ใครจะนำกิ่งพันธุ์ไปขาย หรือไปปลูก รวมถึงไปศึกษาทดลองวิจัยจะต้องได้รับอนุญาตจากชุมชนก่อน
ปัจจุบันกรมวิชาการเกษตร ได้จดทะเบียนให้การคุ้มครองพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นแล้ว 2 ชุมชน ได้แก่ ส้มเขียวหวานพันธุ์เทพรส และมะปรางพันธุ์หวานทองประมูลพรหมณี ของชุมชนจังหวัดนครนายก และกำลังจะขึ้นทะเบียนอีก 2 ชุมชน ได้แก่ ลีลาวดี (ลั่นทม) พันธุ์ชมพูปราจีน จังหวัดปราจีนบุรี ซึ่งพื้นที่ดังกล่าวเป็นแหล่งขายกิ่งพันธุ์และชุมชนได้ร่วมกันพัฒนาพันธุ์ขึ้น
และอีกพันธุ์คือ ข้าวโพดพันธุ์เทียนบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานีที่ชุมชนปลูกข้าวโพดอยู่แล้ว และมีความสนใจที่จะสร้างพันธุ์ที่เหมาะสมในพื้นที่ของตนเอง กรมวิชาการเกษตรจึงได้ส่งผู้เชี่ยวชาญด้านการปรับปรุงพันธุ์พืชลงพื้นที่เข้าไปช่วยให้คำแนะนำเรื่องการพัฒนาปรับปรุงพันธุ์ข้าวโพด เพื่อสร้างพันธุ์ที่เป็นของชุมชน และจะยื่นขอขึ้นทะเบียนชุมชนและจดทะเบียนเป็นพันธุ์พื้นเมืองเฉพาะถิ่นของชุมชนตามลำดับต่อไป ซึ่งได้มีการหารือถึงโอกาสที่จะยกระดับให้เป็นสินค้าอัตลักษณ์พื้นถิ่นของจังหวัดด้วย
ทั้งนี้ การจดทะเบียนพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นที่จะเข้าข่ายจดทะเบียนได้หรือไม่นั้นมีส่วนประกอบที่สำคัญอยู่ 2 ส่วน คือ คุณสมบัติของชุมชน จะต้องเป็นการรวมกลุ่มกันตั้งถิ่นฐานและมีการสืบทอดวัฒนธรรมประเพณีร่วมกันมาไม่น้อยกว่า 10 ปี และจะต้องมีการอนุรักษ์พันธุ์พืชของตัวเองที่จะเป็นพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่น ต้องไม่เคยปลูกที่ไหนมาก่อน แต่ถ้ามีปลูกจังหวัดอื่นด้วยก็จะไม่เข้าข่ายยื่นจดทะเบียนได้ หรือหลุดออกไปปลูกแม้แต่ต้นเดียวก็ไม่ได้ ถือเป็นเสน่ห์ของการจดทะเบียนพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นที่จะดึงดูดนักท่องเที่ยวและสร้างโอกาสสร้างรายได้ให้กับชุมชน
“การจะพิสูจน์ว่ามีคุณสมบัติเป็นพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นหรือไม่ จะมีการประชุมนักวิชาการผู้เชี่ยวชาญในพืชนั้น ๆ เพื่อพิจารณาตรวจสอบเบื้องต้น รวมถึงการสืบค้นจากระบบฐานข้อมูลพันธุ์พืชและเอกสารต่างๆ จากนั้นจะทำการประกาศโฆษณาในทุกจังหวัดทั่วประเทศ เป็นเวลา 90 วัน ถ้าผู้ใดเห็นว่าพันธุ์พืชที่ประกาศนั้นขาดคุณสมบัติ เช่น พบว่ามีปลูกที่อื่นด้วยก็สามารถยื่นทักท้วงหรือคัดค้านเป็นหนังสือแจ้งมาที่สำนักคุ้มครองพันธุ์พืชได้ แต่หากพ้นกำหนดระยะเวลาไม่มีใครทักท้วง ก็ถือว่าสิ้นสุด”
นางสาวธิดากุญ กล่าวว่า เรื่องพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่น ชุมชนยังไม่ค่อยรู้จัก ประเทศไทยมีของดีที่อยู่ในท้องถิ่นมีจำนวนมาก แต่กฎหมายค่อนข้างจะใหม่ ดังนั้นจึงอยากจะประชาสัมพันธ์ให้ชุมชน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นทั่วประเทศ ได้สำรวจในชุมชนว่ามีการอนุรักษ์ หรือปลูกพันธุ์พืชที่มีคุณสมบัติมีเฉพาะตรงนั้นหรือไม่ ถ้ามีขอให้ติดต่อมาที่สำนักคุ้มครองพันธุ์พืช จะรีบส่งเจ้าหน้าที่ลงไปช่วยส่งเสริม เพราะผู้ทรงสิทธิ์คือชุมชน ตัวแทนก็คือ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น โดยเฉพาะจังหวัดที่อยู่ใกล้ชุมชนให้เร่งสำรวจแล้วติดต่อเข้ามา และถ้าขึ้นทะเบียนเป็นชุมชนได้แล้ว ชุมชนจะสามารถขอรับการสนับสนุนจัดสรรเงินจากกองทุนคุ้มครองพันธุ์พืชเพื่อใช้ในการพัฒนาอนุรักษ์และใช้ประโยชน์พันธุ์พืชในชุมชนได้
ทั้งนี้ กองทุนคุ้มครองพันธุ์พืช ตามพระราชบัญญัติคุ้มครองพันธุ์พืช พ.ศ. 2542 มีรายได้หลักจากการจดทะเบียนคุ้มครองพันธุ์พืชใหม่ ปัจจุบันกองทุนมีรายได้อยู่ประมาณ 5 ล้านบาท โดยมีวัตถุประสงค์ในการส่งเสริมอนุรักษ์พันธุ์พืชของชุมชนหลังจากได้จดทะเบียนเป็นพันธุ์พืชพื้นเมืองเฉพาะถิ่นแล้ว เช่น ขอสนับสนุนเพื่อศึกษาพัฒนาขยายพันธุ์เพิ่มจำนวน หรือวิจัยในเรื่องการปลูก ที่ผ่านมาทางสำนักคุ้มครองพันธุ์พืช พยายามที่จะส่งเสริมให้ชุมชนที่ได้รับการจดทะเบียนแล้วให้มีการใช้เงินอุดหนุน เพื่อให้ชุมชนมีส่วนร่วมในการดูแล บำรุงรักษา และมีรายได้ ซึ่งจะเป็นการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์พันธุ์พืชอย่างยั่งยืนต่อไป